在广大中小企业实施联合JIT采购时，由于模式的构建、运作过程中涉及到采购商、供应商、B2B平台、物流服务商等多方参与主体，协调、集成难度大，在具体运作过程中还存在不少障碍，主要表现在以下3个方面。
　　1)B2B平台建设难度大。
　　支撑联合JIT采购的B2B平台一定程度上是一个复杂的供应链管理系统，所需投资规模大、技术难度高，中小企业本身不具备建设B2B平台的资金实力和技术能力。可采取专业第三方电子商务服务商建设模式，多渠道筹措资金。政府也要积极制定政策，加大投人以带动企业和社会投资，解决B2B平台建设资金问题。“金蚕网”的联合JIT采购应用正是在国家茧丝绸风险资金的资助下才得以率先实现。同时，平台建设方可以和高校、科研机构共同合作，综合利用各种技术资源，努力攻克平台建设技术难关。
　　2)物流配送体系发展滞后。
　　在联合JIT采购下，需要高效的物流配送体系支持其运作，物流服务能力和水平直接决定了JIT采购能否顺利实施。但我国的社会物流配送体系发展滞后，物流企业普遍小而散，物流技术和物流管理水平相对较低，这些都成为了联合JIT采购的实施障碍。针对此种情况，首先要加强物流基础设施的规划和建设，特别是产业集群区域内的物流基础建设。其次，B2B平台作为整个运作模式的核心主体，要积极发挥主导作用，通过充分利用产业集群区域内的邻近优势，整合区域内的物流资源，吸引大型3PL进入产业集群区域内，建设覆盖集群区域的配送中心，建立高效的物流配送体系，有力支撑联合JIT采购的运作。
　　3)中小企业生产经营管理水平较低。
　　联合JIT采购需要配套相适应的生产方式，强调采购商和供应商之问是长期战略合作伙伴关系。但中小企业由于规模小，资金有限，生产方式普遍落后，管理水平相对较低，采购计划缺乏准确性，不重视与供应商发展长期的合作关系，这些都制约了联合JIT采购的实施。因此，中小企业要积极改进现有生产方式，革新管理理念，和供应商建立长期的合作伙伴关系，保证联合JIT采购的顺利实施，以此长远促进自身生产经营管理水平的提高。