精益生产在企业中实施，得到了很多的企业管理者的好评。但万事都有两面性。精益生产在企业中推行也存在着弊端。
　　精益生产的弊端不在于成本上，而在于风险管理上。

　　精益生产要求尽可能没有浪费的人力，材料，设备，能源，信息等，实现理想的完美的状态，这是精益生产追求的目标，努力的方向。但是，同时必须看到，企业自生的现状和潜在的风险。比如，在人力方面过于苛刻的精简，导致员工的士气降低，忠诚度降低，员工的流失率增加；在材料方面，必要的安全库存和战略储备库存的减少可能给企业造成更大的材料成本损失；在设备方面，一些关键性的设备如果出现关键备件供应不及时，可能导致企业更大的停机损失；在质量控制方面，过激的砍掉一些检验和人为控制，或者成本压缩，将导致企业的质量风险升高（丰田的刹车事件）；在其他方面同样如此。
　　所以精益生产的理念、方法、工具等都很好；关键是如何和企业的现状、国内国际形势，甚至自然灾害（比如日本地震导致汽车零部件断货）等联系起来，从而找到最佳解决方案是非常必要的。